En cuanto a Fauna se refiere, el Parque esta considerado como una de las zonas de descanso, cobijo y alimentación de especies de Aves Acuáticas, más importantes de Europa, rivalizando con las famosas Tablas de Daimiel.
El cenit del parque, en lo que acogida de especies se refiere, es en el período de invernada, donde las aves encuentran refugio después de sus viajes migratorios desde áreas situadas mas al norte. Las especies más destacables son: El Porrón moñudo, el Pato Colorao, la Focha común, el ánade azulón y el Somormujo Lavanco.
También son fáciles de poder ver las Garzas Reales, en las orillas de las Lagunas buscando alimentos.
A su vez podemos deleitarnos con los cantos del Ruiseñor, de los Carriceros o del Chochín, sin olvidarnos de las Rapaces como el Aguilucho Lagunero.
Debido a que en las laderas y zonas altas del parque la vegetación predominante es la del bosque mediterráneo. La fauna variara, siendo predominantes: La Perdiz, el Rabilargo, la Paloma Torcaz. La Tórtola, el Abejaruco y el Aguila Perdicera.
Entre los mamíferos destacan sobre manera el Conejo, el Zorro, la Gineta y varias especies de Murciélagos aprovechando las oquedades y cuevas como lugar de descanso e invernada.
En la mayoría de las Lagunas podremos practicar el deporte de la pesca, ya que hay una considerable abundancia de peces de diferentes especies como: la boga y la Carpa, ambas autóctonas y otras introducidas como el Lucio o el Black-Bass, haciendo mención especial del gran número de cangrejos.
