Su flora cuenta con más de 800 especies. El árbol dominante, en las laderas y zonas altas, es la Encina que convive en, estas zonas, con la Sabina. Ambas especies podremos observarlas en los alrededores de las Lagunas Blanca, Concejo y Tomilla.
También tendremos la posibilidad de encontrarnos en estas zonas con un matorral denso compuesto por Cocojas, Espinos, Aliagas, etc.
Centrándonos ahora en los fondos del Valle y en las riberas de las Lagunas, veremos: Olmos, Lamos Blancos y algunas especies de Chopo.
Rodeando algunas Lagunas abundan especies como el Carrizo, la Espadaña, la Masiga y los juncos de agua, que en algunas ocasiones llegan a formar auténticos cinturones de vegetación que en las Lagunas mas bajas, como La Coladilla o La Cenagosa consiguen casi hacer desaparecer la masa del agua libre.
Por último, y como parte del plan de repoblación dirigido por los diversos organismos de gestión del Parque podemos encontrar Pinos carrascos, en las zonas de umbría.
